অন্তর্বর্তীকালীন সরকারের প্রধান হিসেবে দায়িত্ব পালন করবেন নোবেলবিজয়ী অর্থনীতিবিদ ড. মুহাম্মদ ইউনূস। যমুনা ভবন থেকেই তিনি অন্তর্বর্তীকালীন সরকারের কার্যক্রম চালাবেন বলেও জানানো হয়েছে।

রাতে অন্তর্বর্তীকালীন সরকারের প্রধান হিসাবে শপথ নেবে ড. মুহাম্মদ ইউনূস। এর আগে ভবনটির নিরাপত্তা জোরদার করা হয়েছে।

১৯৯৬ সালে তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান উপদেষ্টা বিচারপতি মুহাম্মদ হাবিবুর রহমানের আবাসস্থল ছিল রাষ্ট্রীয় অতিথি ভবন যমুনা। সেই সরকারে উপদেষ্টা ছিলেন ড. ইউনূস।

২০০১ সালে তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান উপদেষ্টা লতিফুর রহমানও দায়িত্ব পালনকালে যমুনা ভবনেই ছিলেন। ২০০৮ সালে সেনা সমর্থিত তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান উপদেষ্টা ফখরুদ্দীন আহমেদও এ ভবনেই থেকেছেন।