শেখ হাসিনার গুম-খুনের প্রত্যক্ষ সহযোগী অবসরপ্রাপ্ত এই জেনারেলের বিরুদ্ধে বর্তমান অন্তর্বর্তী সরকারকে অস্থিতিশীল করতে নানা ষড়যন্ত্র চালিয়ে যাচ্ছেন বলে অভিযোগ রয়েছে।
ছাত্র–জনতার অভ্যুত্থানের পর লে. জেনারেল সাইফুল আলমকে পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ে ন্যস্ত করা হয়। পরে গত ১০ সেপ্টেম্বর প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয় থেকে ইস্যু করা প্রজ্ঞাপনে সাইফুল আলমকে বাধ্যতামূলক অবসর পাঠানোর তথ্য জানানো হয়।
এর আগে, ৩ সেপ্টেম্বর বাংলাদেশ ব্যাংকের আর্থিক গোয়েন্দা সংস্থা বাংলাদেশ ফাইন্যান্সিয়াল ইন্টেলিজেন্স ইউনিট (বিএফআইইউ) সাইফুল আলমের ব্যাংক হিসাব স্থগিতের নির্দেশ দেয়। একই সঙ্গে তার স্ত্রী-সন্তানের নামে থাকা হিসাব ও তাদের মালিকানাধীন ব্যাবসায়িক প্রতিষ্ঠানেরও ব্যাংক হিসাব স্থগিত রাখতে বলা হয়।