এর আগে গত মঙ্গলবার (১৮ ফেব্রুয়ারি) দুপুরে ফেনীর যৌথবাহিনীর সদস্যরা তাকে তার ফেনী পৌরসভার ১৫ নম্বর ওয়ার্ডের ভূঁইয়া বাড়ি থেকে গ্রেপ্তার করে।
জুলাইয়ের বৈষম্যবিরোধী ছাত্র-জনতার আন্দোলন চলাকালে ছাত্র হত্যার ঘটনায় গত ২১ জানুয়ারি লালবাগ থানায় তার বিরুদ্ধে মামলাটি নথিভুক্ত হয়। শেখ হাসিনাকে প্রধান আসামি করে দায়ের করা ওই মামলায় ২১ নম্বর আসামি ছিলেন শাখাওয়াত হোসেন ভূঁইয়া।
উল্লেখ্য, ১৯৯৭ সালের ২৯ মার্চ ফেনী শহরের ট্রাংক রোডে বের হওয়া যুবদলের মিছিলে খুন হন জেলা যুবদলের তৎকালীন যুগ্ম সম্পাদক শরিফুল ইসলাম নাসির। এ খুনের অন্যতম হোতা হিসেবে শাখাওয়াত হোসেন ভূঁইয়াকে সন্দেহ করা হয়।