২০০৭ সালের ২৮ মে তত্ত্বাবধায়ক সরকারের সময় আটক হন লুৎফুজ্জামান বাবর। অবৈধ সম্পদ অর্জন ও তথ্য গোপনের অভিযোগ তার বিরুদ্ধে ২০০৮ সালের ১৩ জানুয়ারি রমনা থানায় মামলা করে দুর্নীতি দমন কমিশন।
২০০৪ সালের ২১ আগস্ট ঢাকায় আওয়ামী লীগের সমাবেশে গ্রেনেড হামলার সঙ্গে জড়িত থাকার অভিযোগে লুৎফুজ্জামান বাবর, সাবেক উপমন্ত্রী আবদুস সালাম পিন্টুসহ ১৯ জনের মৃত্যুদণ্ড দেন আদালত। লুৎফুজ্জামান বাবর ২০০৭ সাল থেকে কারাগারে আছেন।
এছাড়া ১০ ট্রাক অস্ত্র মামলায়ও তিনি মৃত্যুদণ্ডপ্রাপ্ত আসামি। জ্ঞাত আয় বহির্ভূত মামলায় তাকে আট বছরের কারাদণ্ড দেওয়া হয়। ১৯৯১ ও ২০০১ সালে লুৎফুজ্জামান বাবর নেত্রকোনা-৪ মদন-মোহনগঞ্জ-খালিয়াজুরী আসন থেকে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হয়েছিলেন।
