প্রজ্ঞাপনে বলা হয়, প্রধান উপদেষ্টার রোহিঙ্গা সমস্যা ও অগ্রাধিকারপ্রাপ্ত বিষয়াবলি সংক্রান্ত হাই রিপ্রেজেন্টেটিভ হিসেবে অধিষ্ঠিত থাকাকালীন ড. খলিলুর রহমান উপদেষ্টার মর্যাদা, বেতন-ভাতাদি ও আনুষঙ্গিক সুযোগ-সুবিধা প্রাপ্য হবেন। এ আদেশ অবিলম্বে কার্যকর হবে।
১৯৭৯ সালে ড. খলিলুর রহমান বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিস (পররাষ্ট্র) ক্যাডারে যোগদান করেন। তিনি ১৯৭৭ সালে বাংলাদেশের প্রথম নিয়মিত বিসিএস পরীক্ষায় প্রথম স্থান এবং একই বছর ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের অর্থনীতিতে এমএ পরীক্ষায় প্রথম শ্রেণীতে প্রথম স্থান অর্জন করেন।
১৯৮৩-৮৫ সময়কালে তিনি পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের দক্ষিণ এশিয়া বিভাগে এবং পররাষ্ট্রমন্ত্রীর ব্যক্তিগত সচিব হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৮৫ সালে তাকে নিউইয়র্কে জাতিসংঘে বাংলাদেশের স্থায়ী মিশনে বদলি করা হয়।
সেখানে তিনি জাতিসংঘ সাধারণ পরিষদের অর্থনৈতিক ও আর্থিক কমিটিতে বাংলাদেশের প্রতিনিধিত্ব করেন এবং স্বল্পোন্নত দেশগুলোর (এলডিসি) মুখপাত্র হিসেবে এই কমিটি ও জাতিসংঘের অর্থনৈতিক ও সামাজিক পরিষদে দায়িত্ব পালন করেন।