এসময় তাকে এক হাজার টাকা জরিমানাও করা হয়। তবে তার বিরুদ্ধে দেশের অন্যান্য স্থানে মামলা থাকায় কারাগারে পাঠানোর নির্দেশ দেন আদালত।
এর আগে গত ২৩ আগস্ট রাতে সিলেটের কানাইঘাট উপজেলার ডোনা সীমান্ত দিয়ে ভারতে পালিয়ে যাওয়ার সময় শামসুদ্দিন চৌধুরী মানিককে একটি জঙ্গল থেকে স্থানীয় কয়েকজন যুবকের সহায়তায় আটক করে বর্ডার গার্ড বাংলাদেশ (বিজিবি)। পরদিন ২৪ আগস্ট সকালে তাকে কানাইঘাট থানায় হস্তান্তর করা হয়। পুলিশ তাকে ৫৪ ধারায় গ্রেপ্তার দেখিয়ে আদালতে হাজির করলে বিচারক তাকে কারাগারে পাঠানোর আদেশ দেন।
সেদিন আদালতে প্রবেশের সময় আদালত প্রাঙ্গণে থাকা বিক্ষুব্ধ জনতা শামসুদ্দিন চৌধুরী মানিককে বেধড়ক কিল-ঘুষি মারেন। আঘাতে তার অণ্ডকোষে গুরুতর আঘাত লাগে। আদালত থেকে কারাগারে নিয়ে যাওয়ার পর সন্ধ্যায় অসুস্থ হয়ে পড়লে তাকে ওসমানী হাসপাতালে ভর্তি করা হয়। এরপর জরুরি অস্ত্রোপচার করা হয়। গত বৃহস্পতিবার (১২ সেপ্টেম্বর) তাকে হাসপাতাল থেকে কারাগারে পাঠানো হয়।