হবিগঞ্জ শহরের দীর্ঘদিনের সমস্যা জলাবদ্ধতা। প্রতি বছর বর্ষা মৌসুমে জলাবদ্ধতায় ভোগান্তি আর আর্থিক ক্ষতির শিকার হতে হয় শহরবাসীকে। যদিও চলতি বছর জলাবদ্ধতা নিরসনে বেশ কিছু পদক্ষেপ নিয়েছে পৌর কর্তৃপক্ষ।