তবে কোন মামলায় তাকে গ্রেপ্তার করা হয়েছে, সেটি জানা যায়নি। সবশেষ দ্বাদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে মাদারীপুর-২ আসন থেকে টানা অষ্টমবারের মতো নৌকা প্রতীক নিয়ে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন শাজাহান খান। 

শাজাহান খান ১৯৮৬ সালে প্রথমবার স্বতন্ত্র প্রার্থী হিসেবে মাদারীপুর-২ আসন থেকে জাতীয় সংসদের সদস্য নির্বাচিত হন। 

একই আসন থেকে পরে বাংলাদেশ আওয়ামী লীগের মনোনয়নে ১৯৯১, ১৯৯৬, ২০০১, ২০০৮, ২০১৪, ২০১৮ ও সর্বশেষ ২০২৪ সালের নির্বাচনে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন।

২০০৯ সাল থেকে তাকে নৌপরিবহণ মন্ত্রীর দায়িত্ব দেয় আওয়ামী লীগ সরকার। নৌপরিবহণ মন্ত্রী থাকাকালীন তার বিরূদ্ধে নানা দুর্নীতি ও অনিয়মের অভিযোগ ওঠে।

বর্তমানে তিনি বাংলাদেশ আওয়ামী লীগের প্রেসিডিয়াম সদস্য এবং বাংলাদেশ শ্রমিক ফেডারেশনের কার্যকরী সভাপতি।